L'étage du clocher, peint en vermillon avec ses consoles en encorbellement sous le toit de tuiles, s'élève au-dessus d'une partie basse fermée de planches sombres. Construit dans les années 1640 et classé bien culturel important, le clocher du Ninna-ji possède cette jupe de planches inhabituelle qui cache la cloche à la vue.