La salle des Lys doit son nom aux lys d'or, symbole de Florence et de son alliance avec la France, qui couvrent ses murs bleus sous un plafond doré à caissons ; la fresque de Domenico Ghirlandaio avec saint Zanobi et des héros romains orne un mur. La Judith et Holopherne de Donatello y est conservée, et un lion héraldique doré repose sur une console de marbre.