Le Kondō, avec son ample toit de tuiles à croupes et pignons, ses murs blancs, ses volets à treillis noirs et ses ferrures dorées, se dresse sur une vaste cour de gravier au nord de l'enceinte. À l'origine Shishinden, la salle des cérémonies du palais impérial construite à l'ère Keichō, il fut transporté ici à l'ère Kan'ei ; trésor national, c'est le plus ancien Shishinden conservé, et il abrite la triade d'Amida.